La maladie se manifeste ainsi par des symptômes liés à l'œil sec (sensation de sable dans les yeux, brûlures, rougeurs…) et/ou à la bouche sèche (xérostomie).
Les poumons et les intestins peuvent aussi être affectés par le Syndrome de Sjögren. Le syndrome est d'ailleurs relativement fréquent chez les personnes atteintes du syndrome du côlon irritable.
En lien avec la nature auto-immune de la maladie, d'autres organes, indépendamment des glandes exocrines, peuvent aussi être affectés.
